論文に略語や略称を使う際のルールはありますか？

略語・略称の適切な使い方は、その（ターゲット・オーディエンスにおける）認知度によって大まかに2つのケースに分けられます。

まず、例えば、DNA、CPU、MRI、AC、RMSなど、認知度の高いものは（タイトルでも）そのまま使えば良いです。

それ以外の略称は、おっしゃる通りに初めて使われる箇所で正称とともに記載すべきです。（アブストラクトと本文は互いに独立したものとみられますから、こうした定義付けはいずれにおいても行う必要がある場合があります。）このような略称はタイトルでは用いることを避けるべきです。また、キーワードでは、認知度の低いものであれば、略称ではなく正称で記載する方が効果的です。

最後に留意していただきたいことですが、私の経験からすれば日本人学者は英語論文で 略語 ・略称を過度に使う傾向があると思われます。一般に、簡略した表現が多くなると文章が読みにくくなることがありますから、過度な使用は控えるべきです。