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生命科学分野は「プレプリント」を導入すべき?

プレプリントとは、ジャーナルに論文として掲載されることを目的に書かれた原稿を、完成段階で査読の前にインターネット上のサーバーにアップしたもののことをいいます。物理学分野で始まったといわれていますが、コンピュータ・サイエンスや数学、経済学でも一般的になりつつあります。 2016年2月16日と17日には、メリーランド州にあるハワード・ヒューズ医学研究で、「ASAPbio(生物学における科学出版の加速)」という会議が開催されました。カリフォルニア大学の細胞生物学者ロン・ヴェール教授やロックフェラー大学の神経生物学者レズリー・ボッシャル教授など有力な研究者らが呼びかけたもので、生命科学分野におけるプレプリントの活用について議論されました。『ネイチャー・ニュース』では、生物学者のなかには物理学分野にいる同僚たちの後を追おうとしている者がいる兆しもある、とレポートしています。 物理学分野では、すでに一般化されているプレプリント。物理学分野では、毎月8000本ものプレプリントが「arXiv」という1991年に設立されたプレプリントサーバーに投稿されているといいます。生命科学分野では、2013年に専門のプレプリントサーバー「bioRxiv」が設立されました。設立当初はひと月あたり50本ほどの投稿数でしたが、徐々に増え続け、2016年1月には200本が投稿されるようになりました。2016年2月時点では、合計3100本ものプレプリントが公開されています。 生命科学分野でも普及しつつあるプレプリントですが、研究者たちは下記のようなリスクを指摘しています。 ・ライバルにアイディアを盗まれ、名声を得る機会を逃してしまうのではないか ・査読を経ていない研究結果が公開されることで、科学としての質が低下するのではないか ・査読のあるジャーナルに掲載されるチャンスを失うのではないか ASAPbioの主催者たちによれば、生物学者たちの多くはまだプレプリントについてよくわかっておらず、どのような影響があるのか話し合われてさえいない、という見解を示しています。2点目の疑問については、自分たちの評価が公開されている初期段階の研究に基づくようになれば、研究者たちはより注意深くなるだろう、とプレプリントの支持派たちは考えています。また、bioRxivの設立時、ジャーナルの出版社のなかにはプレプリントサーバーに投稿された研究でも出版を認めるとルールを変更したところもあり、業界全体の流れも変わってきているようです。 なお、ASAPbio主催者の1人であるボッシャルのプレプリントはすべて、「堪え難いほどノロマな査読プロセス」を経て通常のジャーナルに掲載されたといいます。『ネイチャー・ニュース』は、彼女の過激な言葉を次のように紹介しています。 「そのほとんどは何も変わったように見えません。だとしたら、ジャーナルなんてなぜ必要なのでしょうか?」 その一方で、プレプリントを牽引してきたはずの物理学の研究者のなかにも、プレプリントに批判的な者もいます。ストックホルム大学の宇宙物理学者ヤン・コンラッドは2015年、同じ『ネイチャー』に寄せた論説で、いくつのも実例を挙げながら次のように批判しています。 arXivに投稿された不正確な論文は、見当違いの研究結果というノイズをもたらす以上のことをしている。資金提供に関する決定は歪められ、理論家たちは説明を訂正しようとして多大な時間を無駄にし、そして一般市民は報道によってミスリードされる。 ヤンの見解はASAPbioの主催者たちとは異なるようです。はたして生命科学は物理学の後を追うべきなのかどうか、今後の展開に注目が必要です。

論文投稿から掲載までの時間は長くなっている?!

『ネイチャー・ニュース』は、ある女性研究者の悪戦苦闘ぶりを伝えています。彼女はカナダの大学院生で、過去3600万年の化石を18カ月かけて調査し、動物の分布の変化を明らかにしようとしていました。結果はその分野では驚くべきもので、指導教官の勧めもあり、2012年10月、彼女は論文の原稿を『サイエンス』に投稿しました。 しかしその原稿はすぐに却下されてしまいました。次に彼女は『PNAS(米国アカデミー紀要)』に投稿したのですが、またもや却下。『エコロジー・レターズ』でも同様でした。2013年5月には『英国王立協会紀要』に投稿したところ、やっと査読されることになりましたが、2カ月後、賛否入りまじった査読結果が返され、結局論文は却下されてしまいました。 彼女は、いわゆるインパクトファクターにこだわるのをやめ、掲載までにかかる時間が早いという評判のあるオープンアクセス・ジャーナル『プロスワン』に、論文原稿を投稿しました。原稿は査読者に送られ、2カ月後、同誌は彼女の論文の掲載を基本的には却下するが、もし大幅な訂正を行なうのではあれば、再査読することを伝えました。2014年3月、彼女は大きく書き直した原稿を再投稿しました。同誌は別の査読者に原稿を送り、2カ月後、彼女にさらなる訂正を求めました。彼女はその結果を受け入れ、2014年6月、同誌に原稿を再々投稿しました。 2014年9月、彼女の論文はようやく『プロスワン』に掲載されました。彼女が最初に原稿を『サイエンス』に投稿してから実に23カ月後のことです。彼女によれば、「投稿と再投稿を繰り返すことで論文の内容はずっとよくなったのだが、結論が変わることはなかった」といいます。評判も上々のようです。 彼女の不満は多くの研究者に共有されているようですが、では本当に、投稿から掲載までにかかる時間は長くなっているのでしょうか? 『ネイチャー・ニュース』は、カリフォルニア大学で計量生物学を研究する大学院生ダニエル・ヒルムスタイン氏と協力して、掲載までにかかる時間(日数)を分析しました。 ヒルムスタイン氏は、1980年から2015年までに、生物医学分野のデータベース「パブメド(Pubmed)」に収載された論文すべての、投稿から採択にかかる日数を調査したところ、ずっと100日前後で、長くなっているという証拠は得られませんでした。(その間、パブメドに収載された論文の数は、4353件から9045件へと倍増しています。) また、採択から掲載(出版)までにかかる日数は、2000年代には50日を超えていたのですが、2010年代には25日を切るようになっています。これはおそらく、出版にかかわるテクノロジーの進歩のためだと推測されています。この結果は、多くの研究者が感じている実感とは異なるようですが、興味深い傾向もわかりました。投稿から採択までにかかった日数と、それぞれのジャーナルのインパクトファクターとの関係を見てみると、インパクトファクターが低いジャーナルと高いジャーナルではその日数が長く、中程度のジャーナルでは短い傾向があるのです。 また、人気のあるオープンアクセス・ジャーナルや人気のあるテーマの論文では、どんどんと長くなっていることもわかりました。『ネイチャー・ニュース』は下記のように書いています(同誌の記事とヒルムスタイン氏のブログ記事の生データはこちらで公開されています)。 ヒルムスタインの分析では、『ネイチャー』では過去10年間で85日から150日以上に増加し、『プロスワン』ではほぼ同じ10年間で37日から120日に増加した。 この記事によれば、『プロスワン』の編集者は、同誌の出版プロセスは長くなっていることを認めています。その要因は、論文の数が、2006年には年間200本だったが、現在では3万本にも激増していることだとしています。プロス社では、2015年には7万6000人の査読者を採用しており、適切な査読者を見つけて仕事を依頼するのに時間がかかっている、とのことです。 物理学分野では、「プレプリント(preprint)」という習慣が一般化したことにより、研究者たちの「もっと早く掲載しろ」というジャーナルへの圧力は減少したともいわれています。プレプリントとは、査読前の初期段階の原稿をインターネット上のサーバーで公開することをいいます。しかし、このプレプリントには、新しい知見やアイディアが漏れ出てしまうという問題も指摘されており、他分野で一般的になるかどうかは未知数です。 論文の掲載(出版)は、学位や就職、昇進などに影響するため、掲載までにかかる時間は死活問題です。解決が望まれ、そのための努力もなされてもいますが、それを阻む壁も少なくなさそうです。

as long as とas far as

日本人の学術研究論文で「as long as」と「as far as」という句が混同されていることを度々目にします。これらの表現が同義ではないことに注意して欲しいです。いずれの表現にも何らかの条件を挙げるといった用法があり*、そうした用法では和訳が(「…の限り」、「…する限り」などになって)一致することもありますが、一般的に「as long as」と「as far as」は互いに置き換えることができません。 *両表現にその他の用法もあります。主なものとして「as long as…」には期間の長さの上限を示す用法と「…なだけ長く」という意味を表す用法があり、一方、「as far as…」には「…まで」のような意味を表す用法があります。 条件を挙げる用法で用いられる場合には、「as…

研究成果の「誇張」は、プレスリリースにもある

研究 成果において、科学や医療に少し詳しい人であれば、新聞やテレビ、ネットメディアのニュースが正確ではなく、しばしば結果を「誇張」していることに気づいていら立ったという経験があるでしょう。その責任は誰にあるのでしょうか? 記者でしょうか? それとも科学者でしょうか? カーディフ大学の心理学者ペトロク・スンナーらは、2011年にイギリスの主要な大学20校が出した、生物医学や健康に関係する科学研究についてのプレスリリース462本と、そのもとになった査読付き研究 論文、そして全国紙の記事668件を分析しました。スンナーらは、「誇張」には3つのタイプがあることに注目しました。第1に、読者に対して行動を変えるよう助言(アドバイス)するもの、第2に、相関が見られるだけのデータにもとづいて因果関係があると主張するもの、第3に、動物実験での知見を人間についても推測するもの、です。 彼らがプレスリリースを査読付きジャーナルに掲載された研究論文と比較したところ、そのプレスリリースの40%には、誇張された「助言」が含まれていることがわかりました。また33%には誇張された「因果関係」が書かれていました。36%には「動物実験からの推測」が含まれていました。 そしてプレスリリースに誇張が含まれている場合には、ニュース記事にも誇張が含まれるという傾向があることもわかりました。プレスリリースに助言が含まれている場合、ニュース記事の58%に誇張が含まれていました。因果関係が含まれている場合には81%、動物実験からの推測が含まれている場合には86%の記事に誇張が含まれていました。一方、プレスリリースに誇張が含まれていない場合、記事に誇張が含まれているのは、助言については17%、因果関係については18%、動物実験からの推測については10%にとどまりました。 一方で、プレスリリースにおける誇張がニュースの理解を後押ししているという証拠はほとんどなかったといいます。また、プレスリリースにおける誇張と記事における誇張との間に「因果関係」が見出されたわけではない、ともいいます。彼らは調査結果をまとめ、2014年12月、『BMJ(英国医学ジャーナル)』に掲載された論文で下記のように指摘しています。 ニュースが誇張されていたり、センセーショナルだったり、警告的だったりすることで、メディアやジャーナリストを非難することがよくあるが、われわれの知見の核心は、調査で見つかった誇張のほとんどは最初からメディアで生じたわけではなく、研究者や彼らが所属する研究機関が作成したプレスリリースの文章にすでに存在していた、ということである。 有名な医師・研究者・コラムニストであり、『悪の製薬』(青土社)など邦訳された著書もあるベン・ゴールドベイカーは、同じ号の『BMJ』に寄せた論説で「プレスリリースは科学出版の一部である」と主張します。 ジャーナルはプレスリリースに対応しなければならないし、プレスリリース中の虚偽については、コメンタリーやレターを出す必要がある。学術論文に対するコメンタリーやレターと同じように。 薬や治療法へと発展する可能性のある研究は、報道のされ方次第では、人々の行動に影響をおよぼすことがあります。研究者はその責任をメディアに押し付けるのではなく、科学コミュニティの問題としてとらえる必要がある、ということでしょう。

医学のトップジャーナル、臨床試験データのシェアを提案

もしあなたが教師で、学生が提出したレポートに描かれたグラフに疑問を持ったら、そのもとになった生データの提出を求めるでしょう。生データを見れば、そのグラフの正確さを確認でき、別の解釈の可能性を探ることもできます。ありもしないデータからグラフなどをでっちあげる「捏造」の可能性を確認することもできます。当然ながら学術論文でも同じです。 2016年1月20日、医学ジャーナルの編集者たちのグループ「医学雑誌編集者国際委員会(ICMJE)」は、論文の著者たちに対して、掲載を検討される原稿の必要条件として、臨床データのシェア(共有)を求める新しいルールを提案しました。 新ルールでは、ICMJEに加入している医学ジャーナルで論文を公表することを望む著者たちに対して、表や図、別表や補足素材といった論文の結論を裏付ける「匿名化された個人患者データ(IPD)」を、論文の公表から6カ月以内にシェアすることを求めています。 またICMJEは、研究者たちが臨床試験を行なう際には、データのシェアの方法についても計画するよう提案しています。たとえば、研究者たちがデータを公的な「リポジトリ(データの貯蔵庫)」以外に保管する場合には、その場所や、ほかの研究者がそのデータにアクセスする方法などを明らかにしなければならない、ということです。また、データはリクエストに応じて誰でも自由に利用可能にするか、それとも、申請後に第三者が認可した後でのみにするか、といったことも問題になります。 なおこの提案は、『内科学紀要(Annals of Internal Medicine)』のほか、『米国医学会ジャーナル(JAMA)』や『ニューイングランド医学ジャーナル(NEJM)』、『英国医学ジャーナル(BMJ)』、『ランセット』、『プロスメディスン』など英語圏の雑誌だけでなく、ドイツやオランダ、デンマーク、中国の医学ジャーナル14誌に掲載されました。それらの編集者が著者として名前を連ねています(日本のジャーナル、編集者は含まれていません)。著者たちは「データのシェアは、責任のシェアである」と言及しています。 それぞれのジャーナルの編集者たちは、自分たちのジャーナルでの掲載を検討する原稿の必要条件を変更することによって、データ・シェアリングの育成を手助けすることができる。臨床試験の資金提供機関やスポンサーは、個人患者情報のシェアという義務をサポートし、確固なものとするための立場にいる。 さらに、彼らはデータをシェアすることのメリットを下記のように強調しています。 データをシェアすることは、臨床試験から導かれる結論への信頼性や信用性を高めるだろう。結果を独立した立場で確認すること、つまり科学的なプロセスの基本的な原則を可能とし、新しい仮説の形成やテストを促す。〔略〕研究の被験者に対する道徳的義務を遂行することに役立ち、患者や研究者、スポンサー、そして社会に利益をもたらすだろう、とわれわれは考えている。   ICMJEは、この提案に対する意見を4月まで募集し、それらを検討してから、この新ルールを実効させる、としています。こうした試みは、臨床試験の結果の正確さを確認しやすくさせるだけでなく、同じような臨床試験が不必要に繰り返されることを減らすこともできるでしょう。個人情報の保護など課題もありますが、患者やその予備軍にとっても利益は多いと思われます。

第10回 これだけは覚えたい!プレゼンQ &Aの決まり文句

英語 での国際会議におけるプレゼンのコツをお伝えする集中連載も今回が最終回となります。本番まで準備と練習を重ね、当日の発表も無事終えてほっとひと息……としたいところですが、傍聴者とのQ&Aが終えるまで気は抜けません。Q&Aをうまく乗り切るコツは、先の記事で述べたようにプレゼン冒頭から聞き手に対する親近感を込めて話すことです。それでも、慣れないうちはやはり緊張しますので、決まり文句を頭の片隅に置いておきましょう。 まず質問を繰り返す “Your question is …” 質問を受けたら、必要に応じて一度繰り返します。広い会場では聞こえなかった人もいるかもしれませんので、聴衆全体への確認にもなりますし、その間に答えを考えることも出来ます。確認が済んだら、視線と意識は聴衆全体へ戻します。 質問が聞き取れなかったら “Could you repeat the question more…

論文のエラー訂正や撤回について統計学者が苦言

論文 のエラー訂正や撤回について、アラバマ大学の生物統計学者デーヴィッド・A・アリソン氏は苦言を呈しています。それは2014年夏、同氏がファーストフードを食べることが子どもの体重にどれだけ影響するかを評価した論文を読んでいたところ、ある数理モデルを応用したその分析は影響を10倍も過大評価していることに気づきました。肥満の専門家でもある同氏は、同僚らとともに問題点をまとめて、その論文が掲載されているジャーナルの編集部に書簡を送りました。数カ月後、書簡の主張は受け入れられ、その論文は撤回されたといいます。 アリソン氏らは、そのようなエラー(ミス、間違い)が自分の専門分野のほかの論文でもあるかどうか調べたところ、残念ながら多数を発見してしまい、そのうち25件については同様に著者またはジャーナル編集部に書簡を送ったといいます。彼らはそのほかにも10件以上のエラーを認識したといいますが、あまりに時間がかかってしまうので、中止せざるを得なかった、と『ネイチャー』誌に寄稿した論評で述べています。 すでにジャーナルに掲載された論文をあらためて精密に評価することを「掲載後査読(post-publication review)」といいます。アリソン氏らは「私たちが行なった掲載後査読のうち、あまりに多くのものが、実際には検死(post mortem)だった」と振り返ります。 アリソン氏らは、「よくあるエラー」が3つある、といいます。第一に「クラスター無作為化試験における研究デザインや分析の誤り」。第二に「メタアナリシス(メタ分析)における計算間違い」。第三に「不適切なベースライン比較」。より詳しくは、専門誌『肥満(Obesity)』に投稿中の論文で紹介されるとのことです。 科学というものは、基本的には「自己訂正(self-correction)」にもとづいて存在するものであるはずだが、科学出版業界は訂正に積極的でない、とアリソン氏らは苦言を呈します。彼らによれば「ある出版社は、掲載された論文の撤回を先導する著者には1万ドルを請求するつもりであると決めている」といいます。 アリソン氏らは、エラーが見つかった論文を修正したり撤回したりすることについて、現状では6点もの問題があることを挙げています。 1. 編集者たちがスピーディで適切なアクションを取ることができないか、それに積極的でないこと 2. 懸念の表明をどこに送るべきかがはっきりしないこと 3. 不適切なエラーを認めたジャーナルが論文の撤回を発表することに積極的でないこと…

第9回 本番:演台から10 cmでも離れるつもりで

学会 発表に向けてしっかりと練習をつんで迎えた発表当日。あなたは聞き手とのディスカッションが待ち遠しくなっているかもしれません。学会発表は学位論文発表と違い、審査されるものではありません。晴れの舞台を楽しみましょう。 Be intimate! 本シリーズで繰り返し述べたように、口頭発表は発表者と聞き手の情報交換の場であって、気持ちを通わせることが大切です。英語圏のプレゼンテーションのノウハウのひとつとして“Be intimate!”ということがよく言われます。intimateとは、親密な、形式ばらない、うちとけた、個人的なといった意味の形容詞です。ちなみにアクセントは頭にあり、インティミッと発音します。練習した発表内容を、すっかり自分のものにした言葉で、自然に、聞き手一人一人の心に届くように話しかけましょう。 演台から10 cmでも離れる気持ちで 聞き手に親近感をおぼえてもらうために、文字通り聞き手に「近づく」方法が有効です。学会発表では通常、演台に立ち位置が固定されていますが、少しでも全身が見えるように10 cmでも横にずれて聴衆に近付きましょう。そして、視線は聴衆に向けましょう。視線をスクリーンに向けるのは、「この○○の部分に示すとおり…」などと具体的に見てほしい部分があるときに限ります。慣れないうちは視線を聴衆に向けることが気恥ずかしいものですが、「Q&Aはプレゼン冒頭から始まっている」ことを肝に銘じて、聞き手の顔を見ましょう。 レーザーポインター vs アニメーション スライド上の一部分を指し示す場合、レーザーポインターを用いることが多いですが、レーザーポインターの操作に不安があれば(ふるえたり、ぐるぐる回してしまうなど)、スライドに一部分を強調するためのシンプルなアニメーション効果を仕組むこともできます。これはプレゼンテーション用のリモコンが用意されている場合にとくに有効です。可能であれば発表当日の使用機器について事前に確認をし、自分にとってやりやすい方法を選びましょう。 キャラクター紹介:久里…

研究における「再現実験」の結果を公表するジャーナル登場

これまで、重要な研究論文が出た後に個々の研究者が再現実験を行ない同じ結果が出なかったとしても、その事実はなかなか共有されませんでした。その結果、多くの研究室が決して良質ではない研究のために再現実験を行なうこととなり、時間や労力、費用、資源が無駄に費やされてきました。 再現性という問題はとりわけ生物医学分野でしばしば指摘されてきましたが、最近には新たな試みも見られています。 2016年2月4日、オンラインのオープンアクセス・ジャーナル専門の出版社「F1000Research」は、再現実験の結果を公表することに特化したジャーナル「前臨床における再現性・頑健性チャンネル(Preclinical Reproducibility and Robustness channel)」を創設しました。編集委員には、著名な生化学者でカリフォルニア大学のブルース・アルバーツ氏教授と、バイオテクノロジー企業アムジェンのアレキサンダー・カンプ上席副社長が就任しています。 同誌はその意義を この『チャンネル』は、学術界と産業界を問わず科学者すべてに開かれており、研究者たちがオープンな対話を始められる集中型スペースを提供することで、再現実験を向上させることを手助けします。 とウェブサイト上で説明しています。 すでに4年前、アムジェンは警告を出していたといいます。2012年、当時アムジェンにいた研究者らは、『ネイチャー』への寄稿で、「画期的な」がん生物学の研究論文53本を選び再現実験を行なってみたところ、わずか6本しか論文通りの結果を再現できなかったことを報告しました。「前臨床研究の限界を承知しているとはいえ、これはショックな結果だった」とその研究者はまとめています。また、その結果は、その数年前に製薬企業バイエルが報告していた同様の分析を追認するものだったといいます。 しかしながら、『サイエンス』誌のブログ『サイエンス・インサイダー』によれば、「アムジェンの報告は批判された」といいます。 というのは、同社はデータを何も公表しなかったし、どの研究を調査したのかさえ明らかにしなかったからだ。(元アムジェンの科学者C・グレン・バグレーは、その理由の1つはもとの論文の著者たちの一部との秘密保持協定だという。) 今回創設された『前臨床における再現性・頑健性チャンネル』では、再現実験の方法もデータも公表することになっています。 創設と同時に公表されたのは、アムジェンの研究者たちが実施したのですが、失敗に終わった再現実験の結果3本です。第一に、マウスの実験で抗がん剤「ベキサロテン」がアルツハイマー病を改善させることを示唆した2012年の論文(Link)。第二に、「Usp14」という酵素をブロックすると、細胞がアルツハイマーやALS(筋萎縮性側索硬化症)にかかわる毒性タンパク質を分解するのを手助けすることを発見した2010年の論文(Link2)。第三に、「Gpr21」というタンパク質の遺伝子を持たないマウスを調べることによって、Gpr21が体重や糖の代謝に影響することを発見した2012年の論文(2本)です(Link3)。いずれも「研究ノート(research…

論文の多くは「再現」に必要な情報がない!?

第三者が論文に書かれた研究を検証し、場合によっては追試( 再現実験 )を行なうためには、詳しい実験手順(プロトコル)が必要です。また、グラフなどの図表を検証するためには、そのもとになった「生データ(オリジナルデータ)」も必要です。エモニー大学のシャリーン・イクバルらは、研究報告を適切に評価したり再現したりするために必要な情報が公開されているかどうかを調べるために、2000年から2014年に公表された生物医学分野の論文441本を分析しました。 2016年1月4日付のオープンアクセス・ジャーナル『プロス・バイオロジー』で発表されたその結果は残念なものでした。ケーススタディ(症例報告)などを除外して、具体的なデータを含む論文268本のうち、完全なプロトコルを示していた論文はわずか1本しかありませんでした。著者たちはその論文について 実際のところ、この論文自体がある臨床試験のプロトコルであり、オープンアクセス・ジャーナルの『臨床試験(Trials)』に掲載されたものである。 と、皮肉まじりに書いています。また、図表などのもとになった生データすべてを第三者が参照できるようにされていた論文は1本もありませんでした。さらに、論文441本のうち、約半分には、研究にかかった資金の出所が書かれていませんでした。約7割には、企業など資金提供者との利害関係を意味する「利益相反」について何も書かれていませんでした。 『プロス・バイオロジー』の同じ号では、ドイツの研究者らががんや卒中にかかわる論文を調べたところ、その大部分が実験に使われた動物の数を示していないことを明らかにしました。同誌を発行するプロス社のプレスリリース*1は、 人間の医療において、患者の数、つまり研究の過程で何人がドロップアウトしたり亡くなったりしたのかという情報がないまま臨床試験の結果を公表することは考えにくいだろう。 と、動物実験においても基本的なデータを正確に示すことの重要性を指摘しています。 日本でも、論文そのものだけでなく、そのもとになった生データも公表すべきだ、という議論が高まっており、文部科学省などで検討されています。一方で、研究者が学会に加入したり学術誌を購読したりする必要がなくなってしまう可能性もあるわけですが、その影響も深く議論されるべきでしょう。 *1: https://www.sciencedaily.com/releases/2016/01/160104163155.htm