答えは簡単！ 「はい。書き変えなくてはいけません。」です。
こんな風に書くと、編集者が血も涙もない親の敵のように聞こえるかもしれませんが・・・。論文を投稿する際、いつも念頭に入れておきたいのは、「編集者は即時却下の理由をいつも虎視眈々と探している」ということです。
私の知っているジャーナルの編集者たちは、みな穏やかで優しく、質問をすると時間をかけて丁寧に説明をしてくれるいい人達ばかりです。しかし、そんな彼らの多くは、大学で教鞭をとっていたり自分でも研究をしていたりと、超多忙な日々を送っています。そのため、研究者にとっては「わが子のように手塩をかけた論文」でも、毎日何件もの論文を受け取る編集者にとっては、「山積みの投稿論文のひとつ」となってしまうのは仕方のないことではないでしょうか。
とくに査読者がいるジャーナルの場合、編集者は、該当の論文を査読できるだけの知識を有した人を複数名、迅速に捜しださなければなりません。この際、キーワードが書かれていなかったり、アブストラクトがなかったり、アブストラクトが規程より長ければ、作業が遅くなり、ほかの投稿者へも迷惑がかかります。また、無償で査読をしてくれる人達の負担を少しでも軽減するためにも、読みやすい、パターン化したフォーマットの論文を送ろうと心がけます。このため些細なフォーマットミスでも、「査読者の手をわずらわせるにあたらず」として、即時却下される原因となりかねません。
そうは言っても、やはり書く方の身としては、掲載が決まってもいないのにジャーナルのフォーマットに合わせて自分の論文を書き変えるのは時間の無駄に思えるでしょう。しかしフォーマットとは、思った以上に本文へ大きな影響を与えるのだということを忘れないでください。例えば、1ページの大きさが変われば、今まで収まっていたグラフが入らなくなり、分割を強いられるかもしれません。そうなれば、もちろん本文の書き直しも必要となるでしょう。案外、大掛かりな書き直しを要されるかもしれません。「投稿期限の直前にちょっと直せばいい」などと軽い気持ちで考えず、目標のジャーナルが定まったら、すぐにフォーマット変更をすることを心掛けてください。
